در Little Nightmares III برای اولین‌بار در تاریخ این سری، داستان حول محور دو کودک به نام‌های Low و Alone روایت می‌شود. این دو شخصیت در دنیایی کابوس‌گونه به نام The Spiral گرفتار شده‌اند؛ جهانی پر از ترس، موجودات عجیب و محیط‌هایی که انگار از بدترین کابوس‌های کودکی بیرون آمده‌اند.بازیکنان باید با همکاری این دو شخصیت، معماهای محیطی را حل کرده و از خطرات مرگبار فرار کنند. داستان بازی همچنان به‌صورت غیرمستقیم و نمادین روایت می‌شود و تفسیر آن به ذهن بازیکن واگذار شده؛ موضوعی که همیشه یکی از نقاط قوت سری Little Nightmares بوده است.